在微观的世界里，等待人类的只有绝望！突如其来的神秘病毒，感染者的死亡率高达百分之九十九。带着这个令人绝望的数字，病毒在日本全土开始蔓延。高中生光太郎的弟弟，也不幸感染了这种病毒。要想救弟弟，就必须捕获携带这种病毒的外星生物——T型异龙。这种据说是唯一拥有病毒抗体的外星生物，身长却只有五厘米。为此，光太郎被缩小后，来到了微观世界中。然而，在这个百分之一的世界里，等待着光太郎和其他搜索队员的只有绝望和恐怖！